稻瘟病菌ABC转运蛋白基因中SSR的分布及其功能预测

编号 zgly0001398325

文献类型 期刊论文

文献题名 稻瘟病菌ABC转运蛋白基因中SSR的分布及其功能预测

作者 刘林  李成云  杨静  苏源  吴晗  徐玲  胡燕玲 

作者单位 农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室农业生物多样性应用技术国家工程研究中心云南农业大学植物保护学院 

母体文献 植物病理学报 

年卷期 2011年04期

年份 2011 

分类号 S435.111.41 

关键词 稻瘟病菌  微卫星重复序列  ABC转运蛋白  蛋白二级结构 

文摘内容 ABC转运蛋白在真菌的致病性方面起着重要的作用。本研究查找和分析了稻瘟病菌基因组中47个ABC转运蛋白基因的外显子区、内含子区、5-′UTR和3-′UTR区中的SSR,并对编码区中SSR的扩张或收缩对蛋白结构的影响进行了预测。结果表明,SSR在这些基因的调控区和编码区分布不均一,且在基因的外显子区、内含子区、5-′UTR和3-′UTR区中SSR的组成和分布均不相同;基因的编码区中三碱基和六碱基SSR相对较多,SSR的基序大都表现为GC含量较高,编码的亲水性氨基酸出现频率远远高于疏水性氨基酸。根据稻瘟病菌自然群体中SSR的变化幅度,预测了SSR的扩张或收缩对蛋白二级结构的影响,发现SSR的扩张或收缩都可能对蛋白的结构产生影响。暗示着SSR的变异在致病相关基因的变异中可能扮演着重要角色。