桉树EST序列中微卫星含量及相关特征

编号 zgly0000655494

文献类型 期刊论文

文献题名 桉树EST序列中微卫星含量及相关特征

学科分类 220.45;经济林学

作者 李淑娴  张新叶  王英亚  尹佟明 

作者单位 南京林业大学森林遗传与生物技术省部共建重点实验室  湖北省林业科学研究院 

母体文献 植物学报 

年卷期 2010(3)

页码 363-371

年份 2010 

分类号 Q78 

关键词 桉树  微卫星重复序列  微卫星丰度  微卫星长度变异  微卫星引物设计 

文摘内容 通过对桉树属(Eucalyptus)的10000条EST序列进行分析,在其中的1499条序列上共发现1775个微卫星重复序列。含有微卫星的EST序列约占序列总数的15%。此外,还发现桉树EST序列所含微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关;微卫星的丰度与重复单元长度也呈负相关(三碱基重复微卫星除外)。在桉树EST序列中,重复单元长度为三碱基的微卫星最为丰富。三碱基重复单元微卫星的过度富集可能是由于遗传密码选择所致。在微卫星的丰度及长度变异方面,桉树EST序列与杨树(Populus trichocarpa)基因组注释的转录序列随重复单元长度的变化呈现出相同的规律,但桉树EST序列中微卫星频率及三碱基重复微卫星的含量显著偏低,推测含微卫星的基因表达丰度极有可能低于不含微卫星的基因。通过对发现的所有微卫星位点进行引物设计,并对设计的引物进行PCR检测,结果表明所设计的引物具有极高的扩增成功率。