基于新一代高通量测序的环境微生物转录组学研究进展

编号 zgly0001630622

文献类型 期刊论文

文献题名 基于新一代高通量测序的环境微生物转录组学研究进展

作者 蔡元锋  贾仲君 

作者单位 中国科学院南京土壤研究所土壤与农业可持续发展国家重点实验室 

母体文献 生物多样性 

年卷期 2013年04期

年份 2013 

分类号 X172  Q933 

关键词 转录组学  RNA-seq  高通量测序  环境微生物学 

文摘内容 环境微生物转录组学是一门新兴学科,它以复杂环境样品中的微生物mRNA为研究对象,利用近年兴起的RNA-Seq高通量测序技术,在整体水平上对环境微生物的基因表达水平和调控规律进行研究。本文概述了环境微生物转录组研究从样品的采集保存、RNA提取、mRNA的富集、cDNA合成直到高通量测序及数据分析的基本流程。总结了该技术面临的主要瓶颈:环境样品mRNA含量低、腐植酸等干扰杂质多、rRNA去除程度有限。针对RNA的提取、纯化以及mRNA的富集这些重点步骤,详细阐述了近年来在提高mRNA的得率与纯度上的方法学进展。重点介绍了高通量测序数据的处理及分析方法,从测序数据的质量控制、序列组装、rRNA的鉴定及去除、功能基因注释及分类到差异表达基因的鉴定。最后总结了近年来环境微生物转录组学在新基因的发现、不同环境条件下微生物的基因表达及调控规律研究、有机物的代谢路径分析等3个主要研究领域的广泛应用。随着测序技术及生物信息学分析工具的发展进步,环境微生物转录组学将具有更广阔的应用前景。