东亚特有珍稀蕨类植物岩穴蕨(碗蕨科)高通量转录组测序及分析

编号 zgly0001630146

文献类型 期刊论文

文献题名 东亚特有珍稀蕨类植物岩穴蕨(碗蕨科)高通量转录组测序及分析

作者 刘莉  舒江平  韦宏金  张锐  沈慧  严岳鸿 

作者单位 上海辰山植物园中国科学院上海辰山植物科学研究中心  上海师范大学生命与环境科学学院  华东野生濒危资源植物保育中心 

母体文献 生物多样性 

年卷期 2016年12期

年份 2016 

分类号 Q943.2 

关键词 蕨类植物  转录组学  高通量测序  生物多样性  适应性 

文摘内容 岩穴蕨(Monachosorum maximowiczii)隶属于碗蕨科稀子蕨属,是东亚中高海拔地区所特有的珍稀濒危植物。为了在分子水平对该物种有进一步的认识,本文首次利用二代高通量测序技术(RNA-seq)对岩穴蕨进行了转录组测序分析。通过Illumina Hiseq 2500测序平台,共计获得4.95 Gb原始数据(raw data),经过滤后得到4.83 Gb有效数据(clean reads),并进行从头组装得到了101,448条unigene。其中,54,106条unigene预测到完整的开放阅读框。我们利用目前已知的51个植物基因组数据,对岩穴蕨的unigene进行了详尽的功能注释,并通过GO、COG、KEGG注释进一步了解了这些编码基因的作用方式、特征以及所参与的代谢通路。同时,转录因子分析结果也为岩穴蕨的环境适应机制研究提供了初步线索。