核桃EST-SSR信息分析与标记的初步建立

编号 zgly0001357250

文献类型 期刊论文

文献题名 核桃EST-SSR信息分析与标记的初步建立

作者 朱艳  郝艳宾  王克建  吴春林  王维霞  齐建勋  周军 

作者单位 西南林学院资源学院  北京农林科学院林业果树研究所 

母体文献 果树学报 

年卷期 2009年03期

年份 2009 

分类号 S664.1 

关键词 核桃  EST  SSR信息 

文摘内容 利用生物信息学方法,从dbEST数据库用SSRHunter软件对4 500条核桃EST序列进行搜索,发现462个SSR分布于399条EST序列中,EST-SSR出现频率10.27%,平均每5.65 kb EST出现一个SSR。核桃二核苷酸重复基元占主导地位,其次为三核苷酸重复基元,分别占总SSR的49.57%和27.27%。核桃二核苷酸EST-SSR的优势类型为AG,其次为AT,分别占二核苷酸SSR的67.25%和28.38%。核桃三核苷酸EST-SSR的优势重复基元为AAG,其次为ACC、AAT、AGG,分别占三核苷酸SSR的25.40%、21.43%、16.67%和11.11%。用Primer Primer 5.0软件设计了11对引物,对核桃属5个样品进行PCR扩增,10对引物有扩增产物,引物有效扩增率90.9%,其中7对引物有多态性,多态性引物占可扩增引物的70%。表明,利用核桃EST序列开发EST-SSR标记是可行的。