甘薯与牵牛EST资源的SSR信息分析

编号 zgly0001459998

文献类型 期刊论文

文献题名 甘薯与牵牛EST资源的SSR信息分析

作者 兰孟焦  吴问胜  王瑞珍  赵朝森  赵现伟 

作者单位 江西省农业科学院作物研究所 

母体文献 植物遗传资源学报 

年卷期 2013年05期

年份 2013 

分类号 S531 

关键词 番薯属  甘薯  牵牛  EST  SSR信息 

文摘内容 为挖掘番薯(Ipomoea)属EST-SSR资源,从NCBI数据库下载23406条甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)EST和62282条牵牛(Ipomoea nil(L.)Roth)EST,利用生物信息学软件预处理、去冗余、拼接后得到12812条无冗余的甘薯EST(6.70Mb)和28422条牵牛唯一序列(17.19 Mb)。对这些序列进行SSR搜索,在甘薯上获得328个SSR位点,出现频率为2.56%;牵牛上筛选到962个SSR位点,出现频率为3.38%。甘薯和牵牛EST-SSR具有多个共同特征:在SSR位点中,主要是二核苷酸重复类型,其次是三核苷酸重复;在二核苷酸重复中,出现最多的重复基序为AG/CT,其次是AT/AT;在三核苷酸重复中,主要基序是AAG/CCT;SSR位点的长度主要集中在20~22 bp。结果表明,搜索出的EST-SSR重复基序类型丰富、多态性潜能高,具有较高的开发和利用价值。