基于桑树转录组测序的SSR标记开发和引物筛选

编号 zgly0001486659

文献类型 期刊论文

文献题名 基于桑树转录组测序的SSR标记开发和引物筛选

作者 姚刘慧  唐翠明  戴凡炜  王振江  罗国庆 

作者单位 广东省农业科学院蚕业与农产品加工研究所  江苏科技大学 

母体文献 蚕业科学 

年卷期 2015年01期

年份 2015 

分类号 S888.2 

关键词 桑树  转录组测序  分子标记  简单重复序列 

文摘内容 以桑树品种抗青10号植株的幼叶和根部为材料进行高通量转录组测序,获得60 069条unigene序列,运用MISA软件从中搜索到10 268个SSR位点,并针对这些SSR位点建立了EST-SSR引物数据库。从EST-SSR引物数据库中随机挑选100对SSR引物对抗青10号植株叶片的基因组DNA进行PCR验证,有87对引物可以扩增出条带,其中58对引物扩增的片段大小与预期相同,26对引物扩增的片段大于预期片段,3对引物扩增的片段小于预期片段。100对引物涉及的SSR位点中,基序重复单元长度为3个核苷酸的占46%,为2个、4个、5个、6个核苷酸的分别占12%、10%、10%、22%。KEGG代谢通路分析100对引物所在unigene的功能主要涉及新陈代谢、甘油磷脂代谢、醚脂代谢等途径,扩增条带最多的引物SSR28所在的Unigene5642主要参与新陈代谢。实验结果证明了基于高通量桑树转录组测序数据开发SSR标记的可行性及高效性。