刺参消化道内含物细菌群落组成的PCR-DGGE分析

编号 zgly0000703702

文献类型 期刊论文

文献题名 刺参消化道内含物细菌群落组成的PCR-DGGE分析

作者 高菲  孙慧玲  许强  谭杰  燕敬平  王清印 

作者单位 中国水产科学研究院黄海水产研究所  中国科学院海洋研究所 

母体文献 中国水产科学 

年卷期 2010,17(4)

页码 671-680

年份 2010 

分类号 Q959 S94 

关键词 刺参  PCR-DGGE  消化道内含物  细菌群落 

文摘内容 利用PCR-DGGE技术研究刺参(Apostichopus japonicus)前肠、中肠和后肠内含物的细菌群落组成。通过软件Bio-rad Quantity one分析DGGE指纹图谱,发现刺参后肠内含物的条带数目显著高于前肠和中肠(P=0.003,P=0.016),表明刺参后肠内含物的细菌多样性最高,其次是中肠;前肠内含物的细菌多样性最低。UPGMA聚类分析发现,不同刺参个体其后肠的细菌群落组成差异最小,前肠的细菌群落差异最大。经DGGE分离、条带切割和序列测定,共获得了13条序列,系统发育分析表明,刺参消化道内含物的细菌群落可主要归属于5大类群,即α-变形菌纲(α-proteobacteria)、γ-变形菌纲(γ-proteobacteria)、δ-变形菌纲(δ-proteobacteria)、拟杆菌纲(Bacteroidetes)和柔膜菌纲(Mollicutes)。刺参前肠、中肠和后肠内含物的优势菌群均为γ-proteobacteria。Blast分析显示,其中12条与之亲缘关系最近的序列来自从海洋环境中获得的细菌克隆,表明刺参消化道的细菌群落可能直接或间接来源于刺参的栖息地环境。