群体遗传学研究中的数据处理方法Ⅰ.RAPD数据的AMOVA分析

编号 zgly0001631202

文献类型 期刊论文

文献题名 群体遗传学研究中的数据处理方法Ⅰ.RAPD数据的AMOVA分析

作者 张富民  葛颂 

作者单位 中国科学院植物研究所系统与进化植物学重点实验室  中国科学院植物研究所系统与进化植物学重点实验室北京100093  北京100093 

母体文献 生物多样性 

年卷期 2002年04期

年份 2002 

分类号 Q347 

关键词 群体遗传结构  RAPDistance  DCFA  进化距离 

文摘内容 近年来 ,RAPD数据和AMOVA分析广泛地应用于群体遗传学和保护遗传学研究。然而 ,由于RAPD标记具显性特点 ,加上目前进行AMOVA分析所依赖的RAPDistance软件不完善 ,使得对RAPD数据进行AMOVA分析时存在许多不足。本文介绍了AMOVA分析的基本过程 ,同时引入一个新的程序DCFA用以替代RAPDistance ,并详述了将DCFA与WINAMOVA联用 ,对RAPD数据进行AMOVA分析的具体步骤与注意事项。最后 ,以产自中国和巴西 8个普通野生稻 (Oryzarufipogon)天然群体为例 ,演示了对RAPD表型数据进行AMOVA分析的过程 ,讨论了AMOVA分析结果在群体遗传结构上的意义。通过对AMOVA算法的分析 ,同时比较 4种距离系数所得AMOVA结果 ,我们认为在进行AMOVA分析时选择NEI LI距离和欧氏距离平方较为合适 ,而目前国内使用较多的JACCARD系数不适合AMOVA分析