花椒窄吉丁转录组及化学感受相关基因的分析

编号 zgly0001674831

文献类型 期刊论文

文献题名 花椒窄吉丁转录组及化学感受相关基因的分析

作者 杨平  谢寿安  巩雪芳  车显荣  王延来  吕淑杰 

作者单位 西北农林科技大学林学院 

母体文献 昆虫学报 

年卷期 2019年05期

年份 2019 

分类号 S435.73 

关键词 花椒窄吉丁  转录组  高通量测序  基因注释  生物信息学 

文摘内容 【目的】建立花椒窄吉丁Agrilus zanthoxylumi转录组数据库,挖掘其基因组数据。【方法】采用高通量测序平台Illumina NovaSeq6000对花椒窄吉丁成虫不同组织(触角、头、胸、腹、足、翅)进行转录组测序、序列组装,使用BLAST软件将花椒窄吉丁unigenes序列与公共数据库进行比对,BLAST同源性搜索的方法从中筛选出与其化学感受相关的基因,并与其他已研究发表的鞘翅目昆虫化学感受相关基因的核酸序列比对,进行系统发育分析。利用RPKM值对这些基因在花椒窄吉丁成虫不同组织中的表达量进行分析。【结果】经测序及序列拼接后共得到80 320条unigenes和169 398条contigs,其G+C比例分别是37.63%和39.18%,平均长度分别为828.75和1 084.33 bp; unigenes长度主要分布在200～400 bp的共有37 374条,占全部unigenes的46.53%。在NR数据库中注释的与花椒窄吉丁转录组相似基因所属物种分布为赤拟谷盗Tribolium castaneum所占比例26.80%,其后依次是小家鼠Mus musculus(13.87%),蛀犀金龟Oryctes borbonicus(5.26%),山松甲虫Dendroctonus ponderosae(4.10%),黑蚁Lasius niger(2.36%),其他物种所占比例是47.61%。在GO数据库中比对到27 488个unigenes,可分为分子功能、细胞组分和生物学进程三大类共59个过程;利用KOG数据库功能注释分为25类,注释到unigenes最多功能类别的是普通功能,共4 666个,最少的是与细胞移动相关,共40个;将80 320个unigenes映射到KEGG数据库中,21 104条unigens注释到代谢通路35个,占26.27%,注释最多的代谢途径是转录途径,共涉及到2 037条unigenes。从NR数据库中共注释到8个气味受体(odorant receptor, OR)基因、7个离子型受体(ionotropic receptor, IR)基因和6个味觉受体(gustatory receptor, GR)基因,各组织中的基因表达量分析发现,这3类化学感受相关基因在成虫触角中的表达量显著高于其他组织中的表达量,雌、雄触角中表达量差异最显著的为AzanOR1,而在雌、雄成虫足中这3类化学感受相关基因表达量没有差异。【结论】本研究首次获得了花椒窄吉丁转录组数据,为进一步研究花椒窄吉丁的基因功能奠定了分子基础。