利用超级集群分离分析法鉴别大豆增变基因

编号 zgly0001534717

文献类型 期刊论文

文献题名 利用超级集群分离分析法鉴别大豆增变基因

作者 常玮  王娟  黄志刚  陈吉宝 

作者单位 南阳师范学院农业工程学院 

母体文献 西北农林科技大学学报(自然科学版 

年卷期 2016年12期

年份 2016 

分类号 Q943.2  S565.1 

关键词 大豆  突变热点  增变基因  超级集群分离分析  nudix水解酶基因 

文摘内容 【目的】利用大豆基因组Wm82.a2.v1及HapMap数据来鉴别大豆中可能存在的增变基因。【方法】将大豆HapMap数据(包含19 652份大豆种质在52 041个位点上的分型结果)预处理后,利用改进的超级集群分离分析法,选取滑动窗口大小、步长及阈值大小为参数,对预处理后的大豆种质数据进行分析,测算大豆点突变比率及突变热点区数目,并将点突变比率及突变热点区数目与分子标记进行关联性分析,从强关联区内挖掘候选增变基因,用大豆基因组Wm82.a2.v1对其功能进行初步推测。【结果】大豆HapMap数据预处理后,15 391份大豆种质点突变比率为0.089~0.531,平均变异率为0.261;突变热点区数目为5~1 324个,平均每份种质包含347.8个突变热点区。超级集群分离分析结果表明,Gm16上的29 153 474-30 604 603bp和Gm17上的12 133 293-12 147 725bp片段为与点突变比率和突变热点区数目2个表型同时存在强关联的区域;其中Gm16上的Glyma16g26440.1和Gm17上的Glyma17g15420.1同属于nudix水解酶基因家族,推测其与基因组突变有关。【结论】Glyma16g26440.1和Glyma17g15420.1 2个nudix水解酶基因家族成员都与点突变比率和突变热点区数目存在强关联,可作为大豆基因组候选增变基因。