岷江百合LiGPAT基因的克隆及生物信息学分析

编号 zgly0001529005

文献类型 期刊论文

文献题名 岷江百合LiGPAT基因的克隆及生物信息学分析

作者 陈丽静  颜楠楠  尹元元  张丽  钟鸣  马慧  李天来 

作者单位 沈阳农业大学辽宁省生物技术重点实验室设施园艺省部共建教育部重点实验室 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2016年11期

年份 2016 

分类号 S682.29  Q943.2 

关键词 岷江百合  甘油-3-磷酸酰基转移酶(GPAT)  聚合酶链式反应  生物信息学分析 

文摘内容 为探索百合的耐盐,耐寒和耐旱的抗性机理,本试验选取了抗寒能力极强的岷江百合(Lilium regale)为材料,利用RT-PCR技术克隆得到了岷江百合的Li GPAT基因的ORF区序列,全长1 212 bp,编码403个氨基酸,分子量约为45.4 k D,Gen Bank登录号为JX524740。通过同源序列比对发现,Li GPAT基因编码的氨基酸与单子叶植物油棕GPAT基因编码的氨基酸的一致性最高,达到67.17%。利用在线软件SMART进行分析,表明Li GPAT氨基酸在169~315序列存在一个Pls C结构域,这就说明Li GPAT蛋白属于酰基转移酶家族成员,且所有的活性位点都位于这个区域,具有酰基转移酶的活性。通过在线软件TMHMM Server 2.0预测分析揭示Li GPAT氨基酸序列不存在跨膜区域,可能是一个可溶性蛋白。利用在线软件Plant-m PLoc预测表明,Li GPAT蛋白质的亚细胞定位为叶绿体。