利用生物信息学方法预测家蚕核型多角体病毒基因组编码的miRNA

编号 zgly0001410156

文献类型 期刊论文

文献题名 利用生物信息学方法预测家蚕核型多角体病毒基因组编码的miRNA

作者 陈蔚  黄勇  赵巧玲  宋菲  裘智勇  夏定国  沈兴家 

作者单位 江苏科技大学  中国农业科学院蚕业研究所 

母体文献 蚕业科学 

年卷期 2011年05期

年份 2011 

分类号 S884.51 

关键词 家蚕核型多角体病毒  小RNA  生物信息学  反转录PCR  靶基因 

文摘内容 microRNAs(miRNAs)是长度为18～25 nt的非蛋白质编码小RNA分子,可以通过抑制有关基因mRNA的翻译从而调控机体的生长发育、疾病发生等过程。在很多病毒中发现有miRNA的存在,这些miRNA可能在病毒基因的表达以及与宿主的相互作用中发挥作用。利用vMir软件预测家蚕核型多角体病毒(BmNPV)基因组可能编码的miRNA前体序列,对BmNPV基因组扫描分析后,得到7条能形成发夹结构的可能是miRNA的候选前体序列。以BmNPV添食感染5龄起蚕,72 h后取幼虫血淋巴提取总RNA,对这7条序列进行反转录PCR验证,其中扩增出的5条序列在BmNPV基因组中有相同的序列,推测这5条序列为BmNPV基因组编码的miRNA前体序列。进一步分析5条miRNA前体序列的发夹结构,并用反转录PCR的方法验证其成熟体序列,结果在5条miRNA前体序列共扩增出6条在BmNPV基因组中有相同序列的成熟体序列,它们分别位于不同的ORF之间,是BmNPV基因组编码的miRNA。利用在线靶基因预测程序RNAhybrid和RNA22预测到6条miRNA在BmNPV中的13个可能的靶基因,其中有6个靶基因是病毒的结构蛋白基因,2个为晚期表达因子基因,5个为未知功能基因。推测这些BmNPV基因组编码的miRNA可能与病毒感染宿主有关。