亚洲棉Argonaute蛋白家族的生物信息学预测与分析

编号 zgly0001569343

文献类型 期刊论文

文献题名 亚洲棉Argonaute蛋白家族的生物信息学预测与分析

作者 蔡娟  商海红  李伟杰  王中娜  宋威武  张震  巩万奎  刘爱英  陈婷婷  李俊文  龚举武  石玉真  葛群  刘世尧  袁有禄 

作者单位 西南大学园艺园林学院/南方山地园艺学教育部重点实验室  中国农业科学院棉花研究所棉花生物学国家重点实验室/农业部棉花生物学与遗传育种重点实验室 

母体文献 西北农林科技大学学报(自然科学版 

年卷期 2017年01期

年份 2017 

分类号 S562 

关键词 亚洲棉  AGO  生物信息学 

文摘内容 【目的】在全基因组水平上鉴定亚洲棉(Gossypium arboretum L.)AGO蛋白家族成员,分析其进化关系,为亚洲棉遗传改良提供基因资源。【方法】用AGO蛋白保守域在亚洲棉基因组数据库中进行同源比对,并对AGO蛋白家族的进化关系、基因结构、结构域、染色体定位、三级结构及表达模式等进行生物信息学分析。【结果】从亚洲棉蛋白数据库中共鉴定出11个AGO蛋白家族成员,其编码区长度为2 949~9 807bp,定位在6条染色体上,其中第9号染色体上分布有4个基因;11个AGO家族成员分为5个亚族,亚族内各成员间具有很高的保守性;AGO家族成员均具有典型的α-螺旋跨膜结构,属于碱性蛋白;从表达模式看,AGO家族成员在纤维发育不同时期和不同组织中的表达量存在较大差异,其中5个基因在棉纤维次生壁后期高表达,在其他时期表达水平较低,存在组织特异性。【结论】成功鉴定了亚洲棉AGO蛋白家族,明确了其基本结构的进化关系及基因表达特点。