羊草microRNA和靶基因的生物信息学预测

编号 zgly0001487491

文献类型 期刊论文

文献题名 羊草microRNA和靶基因的生物信息学预测

作者 董园园  王法微  王南  李晓薇  李海燕 

作者单位 吉林农业大学生物反应器与药物开发工程研究中心  吉林农业大学生命科学学院 

母体文献 中国草地学报 

年卷期 2015年05期

年份 2015 

分类号 Q811.4  S543.9 

关键词 微小RNA  羊草  靶基因  生物信息学分析  颈环结构 

文摘内容 为鉴定羊草microRNA基因信息并明确其在羊草生长发育、抗逆过程中的调控作用,用羊草small RNA的SRA数据,根据miRBase21.0信息比对,分别获得隶属于39个microRNA家族的141个已知microRNA基因及新注释的6个novel microRNA,并且预测到新microRNA的二级结构为颈环结构。利用单子叶植物ESTs文库预测到1196个靶基因信息,对羊草microRNA基因具有调控作用。Nr注释及COG注释显示多数靶基因参与羊草的信号转导过程,揭示microRNA参与了羊草的生长发育、新陈代谢、逆境调控等。