香菇EST-SSR标记的开发及应用

编号 zgly0000658288

文献类型 期刊论文

文献题名 香菇EST-SSR标记的开发及应用

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 刘春滟  李南羿  张玉琼 

作者单位 安徽农业大学生命科学院  浙江林学院农业与食品学院 

母体文献 食用菌学报 

年卷期 2010,17(2)

页码 1-6

年份 2010 

分类号 S513 

关键词 香菇  EST序列  SSR标记  多态性  遗传多样性 

文摘内容 从NCBI中下载了12 184条香菇(Lentinula edodes)表达序列标签(expressed sequence tag,EST)序列,处理后得到全长3 681 177 bp的4 684个Unigene。在其中共发掘出142个简单重复序列(simple sequencerepeat,SSR),分布于120条EST中,分布频率为2.99%(平均分布距离: 25.924 kb)。其中,单、二、三核苷酸重复是主要的重复类型,A/T,AG/CT,ACG/CTG是单、二、三核苷酸的主要重复基序,分别占所有EST-SSR的23.23%、21.83%和10.56%。利用引物设计软件PrimerPremier5.0设计了40对引物,并利用6%变性聚丙烯酰胺凝胶在18个香菇品种中进行检测。其中,22对引物为多态性引物,多态率为55%。应用NTSYS软件的聚类方法分析表明,18份材料遗传相似系数范围为0.375-0.984,与前人研究结果相符。