毛木耳rDNA序列结构及IGS鉴别菌种初探

编号 zgly0001691309

文献类型 期刊论文

文献题名 毛木耳rDNA序列结构及IGS鉴别菌种初探

作者 李冰玉  邓优锦  黄蓉梅  赵琛  文志华  徐伟南  谢宝贵 

作者单位 福建农林大学菌物研究中心 

母体文献 菌物学报 

年卷期 2019年12期

年份 2019 

分类号 S646.6 

关键词 三代测序  转录组  基因间隔区  品种鉴别 

文摘内容 rDNA序列中的ITS作为DNAbarcode广泛应用于真菌的系统发育与物种辅助鉴定,IGS被认为可以用于种内水平不同菌株的鉴别。有关食用菌rDNA序列的报道较少。本研究对毛木耳Auricularia cornea单核菌株B02进行三代测序与组装,然后用二代测序数据进行校正,得到一个组装效果较好的基因组序列。比对Fibroporia vaillantiir的rDNA序列获得毛木耳rDNA重复单元的完整序列,每个重复单元包含ETS、18S rDNA、ITS1、5.8S rDNA、ITS2、28S rDNA、IGS1、5S rDNA和IGS2,长度分别为398bp、1 790bp、156bp、156bp、206bp、3 432bp、2 247bp、121bp和2 135bp,总长度10 641bp,毛木耳rDNA有310个串联重复单元,转录组和系统发育分析均支持这一结果。与其他已报道的食用菌不同,毛木耳的IGS1、IGS2序列高度保守,其中IGS1的1 400–2 200bp区域在各拷贝之间没有多态性、而在品种之间有较高频率的SNP,这一片段序列有望用于品种鉴别研究。