不同植物LDOX/ANS基因的生物信息学分析

编号 zgly0000710120

文献类型 期刊论文

文献题名 不同植物LDOX/ANS基因的生物信息学分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 董娇  周军  辛培尧  许玉兰  刘岩  韦援教  付�� 

作者单位 西南林业大学  西南山地森林保育与利用省部共建教育部重点实验室 

母体文献 基因组学与应用生物学 

年卷期 2010(5)

年份 2010 

分类号 Q943 

关键词 无色花青素双加氧酶/花青素合成酶(LDOX/ANS)  核苷酸序列  序列分析  生物信息学 

文摘内容 花青素是一类重要的植物次生代谢产物。本文采用生物信息学的方法对已在GenBank上登录的拟南芥、西洋梨、苹果、桃、葡萄、芥菜、菊花新品种和水稻等植物的无色花青素双加氧酶/花青素合成酶(LDOX/ANS)基因的核酸及氨基酸序列、组成成分、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级结构、三级结构及功能域等进行预测和推断。结果表明,ORF除了桃和菊花新品种为500bp左右之外,其它几种植物都在1070bp左右,分子量均为4kD左右,理论等电点均低于7,说明LDOX/ANS呈酸性。Glu、Leu和Val是这些植物共有的主要氨基酸。核苷酸同源性比对结果显示,拟南芥LDOX/ANS与其它植物LDOX/ANS的同源性较高;8个物种的LDOX/ANS基因被分为两个大类,单子叶植物水稻LDOX/ANS基因被单独分为一类,其它的均聚成一大类。研究还发现这些植物的LDOX/ANSN端不存在导肽和信号肽,无跨膜结构域,肽链表现为亲水性。蛋白质二级结构中最主要的结构元件是α-螺旋和无规则卷曲,包含一个20G-FeⅡOxy功能结构域。通过此次研究,希望为今后深入研究该类酶的功能和结构特征提供依据。