甜杨抗冻转录因子ICE1基因的in silico克隆及其分析

编号 zgly0001329335

文献类型 期刊论文

文献题名 甜杨抗冻转录因子ICE1基因的in silico克隆及其分析

作者 林元震  张志毅  刘纯鑫  郭海  朱保庆  陈晓阳 

作者单位 华南农业大学林学院  北京林业大学林木花卉遗传育种教育部重点实验室  水利部水土保持植物中心  华南农业大学林学院 广州  510642北京林业大学林木花卉遗传育种教育部重点实验室  北京  100083  广州  510642  100038 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2007年03期

年份 2007 

分类号 S792.11 

关键词 PsICE1  in silico克隆  甜杨  转录因子  抗冻性 

文摘内容 ICE1基因编码类似MYC的bHLH转录因子,可特异地结合到CBF3启动子的MYC作用元件并诱导CBF/DREB1下游基因的转录表达。本文采用电子克隆的方法,以拟南芥ICE1蛋白序列为信息探针,利用杨树EST数据库和毛果杨基因组序列拼接的结果,设计引物并通过RT-PCR从甜杨克隆了杨树的第一个ICE1基因。其cDNA长1706bp,含有完整的开放阅读框,可编码543个氨基酸的MYC类蛋白。编码蛋白序列含有bHLH区,核定位信号(NLS)区,富S区和转膜区各1个。Blast分析表明,cDNA序列及其推导的氨基酸序列均与拟南芥和芥菜的ICE1存在着较高的同源性,说明所获得的cDNA可能是甜杨ICE1基因(PsICE1,DQ481236)。通过网络服务器平台进行PsICE1的功能预测,结果显示PsICE1含有bHLH保守功能域,具有多个磷酸化位点和跨膜区域。另外,ICE1的电子表达谱分析结果发现,ICE1几乎可在植物中整株表达,在多种组织和不同发育过程均表达,这也在一定程度上说明了ICE1是组成型表达,以及ICE1可能在植物的生长发育中也起着重要作用。