利用高通量测序分析侵染贵州火龙果的病毒

编号 zgly0001545083

文献类型 期刊论文

文献题名 利用高通量测序分析侵染贵州火龙果的病毒

作者 郑乾明  王壮  彭志军  马玉华  蔡永强 

作者单位 贵州省果树科学研究所 

母体文献 植物病理学报 

年卷期 2017年03期

年份 2017 

分类号 S436.67  S432.41 

关键词 仙人掌科  基因组  核苷酸  序列一致性 

文摘内容 对疑似感染病毒的火龙果(Hylocereus undatus Britt.)进行高通量测序,分析病毒种类和相对含量,为火龙果病毒诊断和检测提供理论基础。测序reads经拼接和注释,共3 969条contig注释为病毒,包含44 354 147条reads。10条contig注释为CVX-NTU(JF937699),其含有的reads占所有病毒reads数量的85.18%;10条contig注释为ZyVX(AY366208),占所有病毒reads数量的4.97%;6条contig注释为SchVX(AY366207),占所有病毒reads数量的3.75%;6条contig注释为CVX(AF308158),占所有病毒reads数量的0.26%。拼接获得的CVX-NTU序列完全覆盖CVX-NTU(JF937699)基因组,核苷酸序列一致性为97%。编码的5个ORF核苷酸序列与CVX-NTU(JF937699)一致性为97%~98%,氨基酸序列一致性为97%~99%。拼接获得的CVX-NTU序列与CVX、ZyVX和SchVX的核苷酸序列一致性分别为78%、75%和70%。这是首次利用高通量测序检测火龙果病毒的报道。