基于Solexa高通量测序的唐古特红景天(Rhodiola algida)微卫星信息分析

编号 zgly0001479219

文献类型 期刊论文

文献题名 基于Solexa高通量测序的唐古特红景天(Rhodiola algida)微卫星信息分析

作者 雷淑芸  高庆波  付鹏程  杨慧玲  陈世龙  张发起 

作者单位 中国科学院高原生物适应与进化重点实验室  中国科学院西北高原生物研究所  中国科学院大学  西南大学生命科学学院 

母体文献 植物研究 

年卷期 2014年06期

年份 2014 

分类号 S567.239 

关键词 唐古特红景天  高通量测序  微卫星 

文摘内容 利用所获得的Solexa高通量唐古特红景天转录组拼接EST序列进行微卫星位点的挖掘分析,期望为红景天属SSR标记的开发提供生物信息学依据。在得到的6552条EST序列中,三碱基最多,占总EST序列的41.50%;单核苷酸和二核苷酸重复类型的SSR含量相似,分别为27.76%和24.76%;二至六碱基微卫星分布密度与其对应的SSR含量成正比。在单核苷酸重复类型中,T和A重复类型最多,分别为总SSR的14.91%、12.70%,而G和C重复类型则很少;在二核苷酸重复类型中,AG重复类型最多,占总SSR的5.60%,GA和TC重复类型次之,分别为4.75%、4.72%;在三核苷酸重复类型中,GAA重复类型最多,为总SSR的1.85%,GAT次之,为1.79%,TTC、TCT、TCA、GGA、GCT、GAG重复类型间的SSR数相差不大;四、五、六核苷酸重复类型则很少。除五、六核苷酸重复类型外,其长度变化与其对应的重复类型碱基长度成反比;同种重复类型中,微卫星的长度与其对应的SSR数成反比。