梨Ty1-copia类反转录转座子GAG开放阅读框预测和光响应下的表达分析

编号 zgly0001514154

文献类型 期刊论文

文献题名 梨Ty1-copia类反转录转座子GAG开放阅读框预测和光响应下的表达分析

作者 蒋爽  骆军  孙永旺  蔡丹英  滕元文 

作者单位 浙江大学园艺系农业部园艺植物生长发育与品质调控重点开放实验室  上海市农业科学院林木果树研究所  浙江省农业科学院园艺研究所 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2016年08期

年份 2016 

分类号 S661.2 

关键词 梨  Ty1-copia  GAG  表达分析 

文摘内容 基于生物信息学方法,对‘砀山酥梨’基因组中Ty1-copia类型的GAG开放阅读框进行预测,共获得315条GAG序列。通过系统聚类,梨基因组中GAG序列可分为7个支系,第一和第三支系成员较多且保守性高。序列比对结果显示,不同支系GAG序列具有较高的异质性。在‘美人酥’梨的套袋和摘袋后的果皮中发现了34个gag成员,其中有6个(Ppgag16、Ppgag19、Ppgag23、Ppgag27、Ppgag29和Ppgag30)为高丰度表达成员。遮光条件下,‘美人酥’果皮中有部分gag成员发生表达,说明copia类反转座子不仅仅受光照影响发生表达。在摘袋后,‘美人酥’果皮中有2个成员(Ppgag5和Ppgag23)发生明显上调表达,说明梨中部分反转录转座子的转录受到光照的调控。