羊草钙依赖型蛋白激酶基因生物信息学及表达特性分析

编号 zgly0001487468

文献类型 期刊论文

文献题名 羊草钙依赖型蛋白激酶基因生物信息学及表达特性分析

作者 崔喜艳  张继伟  秦思余  刘忠野  郭继勋 

作者单位 吉林农业大学生命科学学院  东北师范大学附属中学  东北师范大学草地研究所/植被生态科学教育部重点实验室 

母体文献 中国草地学报 

年卷期 2015年03期

年份 2015 

分类号 Q943.2 

关键词 羊草  CDPK基因  生物信息学  基因表达 

文摘内容 为了研究钙依赖型蛋白激酶(CDPK)在羊草适应生境中的功能,分别对羊草幼苗进行模拟干旱(PEG)和盐碱(NaCl-Na2CO3)处理,测序分析了羊草中克隆的CDPK基因cDNA(LcCDPK),其核酸序列全长为1704bp,开放阅读框为1647bp,共编码548个氨基酸,编码的氨基酸序列与GenBank中小麦CDPK1基因的同源性最高,氨基酸一致性为96%。用软件对其蛋白质氨基酸组成及结构分析,氨基酸序列构成具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶催化活性的S-TKc结构域,有4个保守的EF手性结构域,为Ca2+结合位点,预测的成熟肽相对分子质量61.349KDa,理论等电点5.34;二级结构预测α-螺旋占37.59%,β-折叠占9.85%,而无规则卷曲占52.55%;实时荧光定量PCR结果分析表明,在低浓度PEG、盐碱处理条件下羊草根及叶片的CDPK基因表达下调,高浓度处理条件下CDPK基因表达上调,说明CDPK基因表达受干旱及盐碱胁迫调控;盐碱处理条件下CDPK基因在根和叶片中的表达均高于干旱处理。推测LcCDPK广泛参与羊草抵御逆境胁迫的响应,尤其在盐碱胁迫过程中发挥重要作用。